?

Log in

No account? Create an account
Кентавризатор

> recent entries
> calendar
> friends
> profile
> previous 20 entries

Sunday, January 1st, 2034
3:59 pm - О деяниях
1. Если наметил задачи, но не записал - не будет сделано ничего.
2. Если записал задачи, но не поставил дедлайн - не будет сделано 90%.

(17 comments | comment on this)

Thursday, March 3rd, 2033
3:33 am - Wishlist
Что мне можно дарить, если вдруг кому приспичит.

Read more...Collapse )

Что дарить категорически НЕ нужно.
1. То, чего в списке нет.
2. Любые аналоги того, что в списке указано конкретно - если вы не эксперт высокого уровня в данной предметной области.

(comment on this)

Friday, October 7th, 2016
6:30 pm - Про геномику растений
Вы вот скорей всего думаете (если думаете), что у растения есть геном. Типа можно взять кусок растения, выделить ДНК, секвенировать, и всё будет хорошо.
А вот нифига, как обычно :)

Геномов у растения как минимум три. Ядерный, хлоропластный и митохондриальный. У каждого свои особенности, вроде GC-состава, разных частот мутаций, разных механизмов регуляции и т.п. К тому же пропорции яДНК, хпДНК и мтДНК в общей выделенной могут сильно отличаться в зависимости от взятого куска растения. Полностью их разделить -- задача нетривиальная.
Но это только начало.

Ещё растения обожают быть гетерополиплоидами. Фактически ядерный геном может состоять из нескольких разных геномов, которые в ходе эволюции как-то притёрлись друг к другу. Классический пример -- пшеница, там три генома в одном. То есть даже разные элементы общего ядерного генома могут заметно отличаться по отдельным параметрам.

Это всё не так страшно, достаточно знать и учитывать. Настоящее веселье начинается, если вспомнить про патогены и паразитов. В реальной прикладной работе обычно нет времени на выделение и выращивание стерильных культур клеток/тканей, и практически нереально предсказать, чья же ДНК будет в итоге плавать в пробирке.

В общем, при работе с растениями даже в сравнительно простых задачах вроде разработки чувствительного метода молекулярной идентификации (чем я сейчас и занимаюсь) вылезает мнооооооого интересного :)
А вы говорите -- биохакеры, биохакеры...

(7 comments | comment on this)

Wednesday, October 5th, 2016
7:00 pm - Про силу воли
Сила воли -- это просто гламурное название для навыка произвольного управления вниманием.

В бытовом смысле про силу воли говорят, когда надо делать то, что не хочется, или не делать то, что хочется. А это же просто про внимание. Перевести фокус внимания с одного действия (хочется) на другое (надо), и какое-то время удерживать. Времени обычно требуется немного, включение даже в неинтересную работу занимает минут 15. Ещё немного внимания требуется на игнорирование внешних раздражителей в процессе.

В общем, хотите развить силу воли -- делайте упражнения на концентрацию внимания. Самое простое -- наблюдать за кончиком стрелки часов. Сначала секундной, потом минутной, потом часовой. Полугода должно хватить для ощутимых изменений.

(2 comments | comment on this)

Friday, July 29th, 2016
11:45 pm - Про магний
Словил тут недостаток магния. Ноги сводит и всё такое. Как-то корректировать рацион в сторону "ещё больше зелени/орехов/бобовых" не хочу, да и смысла не вижу, и так нормально питаюсь. Прогуглил всякие минеральные комплексы - и как-то оно печально. Или оксид/карбонат, да и те в микродозах, или что-то нормальное, но за невменяемые деньги (я щас бедный студент, если что ;)).

Как всегда, выход прост. Покупаем в любой аптеке сульфат магния. Пакетики по 20-25 грамм. Стоит копейки. Доводим до кипения стакан воды, сыплем столовую ложку с горкой обычной соды (которая гидрокарбонат натрия). Пакетик сульфата магния растворяем в горячей воде (объём не критичен, лишь бы растворилось, я делаю полстакана) и вливаем в кипящий раствор соды. Смесь резко белеет. Полученную суспензию карбоната магния кипятим минут 10, пока не перестанут появляться мелкие пузырьки. Выключаем, даём отстояться. Кристаллы получаются сравнительно крупные, оседают минут за 15-20. По максимуму сливаем жидкость, заливаем водой, перемешиваем, отстаиваем. Промывку повторить 4-5 раз. К чистому осадку карбоната понемногу добавляем горячий раствор лимонной кислоты, помешиваем. Добавлять до полного растворения осадка и прекращения шипения. Всё, готов раствор цитрата магния, одного из лучших по биодоступности соединений. Дальше можно разбавить водой до 700 миллилитров, как раз хватит на неделю по 100 мл в день, и будет нормальная суточная дозировка.

Я наливаю эти 100 мл раствора в свою мегакружку на 650 мл, добавляю ещё поллитра воды и чего-нибудь по вкусу (сахар/мёд/варенье etc). Получается вкусный кисленький напиток. Потребляю уже пару недель, симптомы недостатка магния исчезли. Побочек никаких. Рекомендую.

(8 comments | comment on this)

Wednesday, July 20th, 2016
6:18 pm - 33
Удачный выдался год.
Получил красненький дипломчик, поучаствовал в распиле интересных грантов, хорошо так научился всякой молекулярке/геномике/биоинформатике, собрал нормальный комп, поимел 4 публикации и авторское свидетельство, бросил курить, освоил виноделие на чистых культурах дрожжей, разобрался с несколькими крупными тараканами, стал пить гораздо меньше кофе... В общем, мной быть хорошо :)
Дальше будет ещё интересней.

Пара фоточек под катомCollapse )

(19 comments | comment on this)

Wednesday, December 2nd, 2015
12:58 am - Лем гениален!
Я сейчас довольно много читаю arXiv по тематике deep learning (и использую простенькую нейросеть в одном реальном проекте, хе-хе, но об этом как-нибудь потом). И там всё чаще упоминается то, что можно обозвать мета-сетями. Делают несколько нейронных сетей разной архитектуры, обучают разными способами и как-нибудь объединяют.

Почему-то это ужасно напоминает мой любимый "Осмотр на месте". Эти вот БАМ, БОМ, БУМ и МОСГ. Да и загрузка шихты оттуда же - это ведь big data в чистом виде.
Надо ещё раз перечитать :)

(comment on this)

Thursday, October 15th, 2015
9:11 pm - Про "что делать"
Фиксирую в основном для себя, но вдруг ещё кому будет полезно.
Нижеописанное применимо скорей в самокопательных контекстах. Может работать и в других, надо проверять.

Если вы нашли/получили/придумали годный совет по решению насущной проблемы, прежде всего проверьте годность совета.
Как - тема для отдельного размышления. В общем можно отметить, что для действительно сложных проблем, о которые вы долбитесь годы, здравый смысл будет работать плохо.

Далее.
Продумайте/найдите/вытрясите контекст применения совета. И критерии распознавания этого контекста.
Аналогично с пошаговыми инструкциями по следованию совету. Возможными факапами, тонкостями и т.п.
Аналогично с результатами применения и критериями их оценки.

Повторите весь процесс ещё раз, тут полезно как-то фиксировать это дело.

И потом следуйте или не следуйте совету.

(4 comments | comment on this)

Monday, July 20th, 2015
7:11 pm - 32
2^5 - предпоследний юбилей, однако. Что бы там ни фантазировали всякие трансгуманистообразные, дожить до 2^7 - крайне маловероятно.

Вот сейчас уже можно сказать, что текущий образ жизни мне подходит. Спасибо тем, кто ;)
В основном приходится выбирать между чем-то интересным, очень интересным и ещё более интересным. Ну и перспективы радуют.

В общем, мной быть хорошо :)

(20 comments | comment on this)

Thursday, July 16th, 2015
11:09 pm - Про биохакеров
Биохакерами сейчас много кого называют.
Они обычно бывают двух видов.

Первые к биологии отношения не имеют, зато любят пиариться. Это всякие любители вживлять себе чипы, глотать/вдыхать/закапывать в глаза биологически активные соединения и всё в таком духе, ну да и хрен с ними.

Вторые хотят сделать нечто Генетически Модифицированное у себя в гараже.
У них ничего не получится, ибо это сложно и дорого.
Сложно - не технологически, а в проектировании. Чтобы получать интересные результаты, категорически желательны знания/умения, сопоставимые со знаниями/умениями для разработки новых архитектур процессоров. Не запредельно, но всё же. А иначе в лучшем случае (и то если очень повезёт!) будет унылое повторение чужих протоколов. Это как желать сделать свой Raspberry Pi, но уметь только всякую фигню из журнала Хакер.
Дорого - это в основном реактивы. А нужны они очень разные, и нужно их в общем-то дофига. Оборудование при наличии прямых рук можно сделать или купить б/у на ebay, а вот ферменты, олигонуклеотиды и всё такое потребного для работы качества (!) на кухне не сварить при всём желании. А без качественных реактивов просто ничего не получится. Больше того, и с качественными не всегда получается. Например, забыли про изменение pH буферного раствора в зависимости от температуры, он снизился всего на 0.1 - и фермент стоимостью килобакс за 100 микролитров тут же развалился нафиг или в лучшем случае просто не работает. Цены (и условия хранения, они тоже бывают забавными) можете погуглить, узнаете много интересного.

Бывают ещё и нормальные люди, которым просто интересна биология - но вот они себя биохакерами обычно не называют.

(6 comments | comment on this)

Thursday, July 2nd, 2015
12:11 am - Про выполнение генетического кода
Технари часто представляют клетку как нечто вроде компьютера, выполняющего записанную в ДНК программу.
На очень высоком уровне абстракции такую аналогию можно с натяжкой назвать верной. Примерно столь же верной, как уподобление квантового компьютера счётам.

Несколько ближе к реальности будет представлять всё это дело как самомодифицирующуюся нейронную сетку, построенную из ненадёжных аналоговых элементов.
Думаю, многие читали про всякие извращения с генетическими алгоритмами на FPGA, особенно про штуки с использованием паразитных наводок - вот это примерно оно, только на несколько порядков сложнее.

Ещё ближе к реальности будет то же самое, но собранное из любого подручного хлама, причём могут быть задействованы любые физико-химические процессы, в духе "повышение температуры кофеварки приводит к изменению окраски раствора, это слегка меняет яркость дисплея спектрофотометра, который стоит рядом с колбой с чем-нибудь фоторазлагаемым с выделением газа, а поток этого газа крутит турбинку микрогенератора, ток с которого ещё через несколько десятков подобных элементов управляет кофеваркой".
Ну а генетический код (который тоже не настолько прост и однозначен, как рассказывают в школе) - только один из многих входных сигналов.

Кому интересно разобраться в теме серьёзно - отличным кратким введением будет "Экспрессия генов" Патрушева. Есть в электронном виде, лежит везде, язык довольно понятный. Только учитывайте, что монография успела устареть на 15 лет, и за это время молекулярная биология проще не стала ;)

(2 comments | comment on this)

Tuesday, June 30th, 2015
10:13 pm - Всякое разное
Есть у нас в лабе гомогенизатор Precellys 24, используем его при выделении ДНК. Не машина, а зверь - за 2 цикла по 30 секунд превращает сухую хвою и мыльный растворчик в однородную массу. Любопытства ради глянул инструкцию - к нему помимо стандартных пробирок по 2 мл идут ещё и пробирки по 15 мл. Это немного, но небольшая лабораторная мышка вполне поместится. Так что пресловутое "подготовьте мышь к опыту, гомогенат разлейте по пробиркам" - не шутка, а вполне себе проза жизни.

Встретился тут в одном из источников белок из семейства SOUL. Сначала думал, что очередная аббревиатура. Погуглил - оказывается, кодирующий этот белок ген впервые обнаружили при исследовании сравнительной экспрессии генов в эпифизе цыплят. А назвали soul, ибо Декарт считал эпифиз вместилищем души. Прямо так в статье и написано.

Если вы говорите об эволюции, никогда не используйте выражение "выживает сильнейший/наиболее приспособленный/ещё какой-нибудь". Это бессмысленно с точки зрения эволюции как таковой. Не выживает. И не погибает. А просто имеет несколько большую вероятность оставить потомство. И всё.

(4 comments | comment on this)

Wednesday, April 8th, 2015
6:49 pm - Лытдыбр
Давно собираюсь написать что-то в духе "как я провёл прошлым летом", да всё руки не доходят.
Так что кому интересно - смотрите фоточки вконтактике, доступ там открытый для всех.

А сейчас все помыслы заняты полиморфизмом генов устойчивости к холоду древесных растений, и ночами снятся исключительно хромосомы лиственниц, строчки праймеров и схемы взаимной регуляции транскрипционных факторов. Скорей бы спасительная сессия )

(4 comments | comment on this)

Monday, March 30th, 2015
9:28 pm - О pop-sci
[по мотивам сегодняшних разговоров в лабе]

Любопытно представить, что случится, если какой-нибудь дико популярный среди подростков певец/актёр возопит со сцены нечто вроде "Молекулярная генетика - это круто! Читайте Льюина!!!".

(comment on this)

Thursday, March 26th, 2015
12:02 am - О тщательности и аккуратности
Похлёбкина нынче многие ругают, причём за дело.
Но есть у него в одной из книжек хороший момент про тщательность и аккуратность.
Я часто об этом вспоминаю, когда наблюдаю, как кто-то готовит :)
Очищенная картошка темнеет, макароны слипаются, бульон мутнеет, суп тонко благоухает землёй - к этому всему можно привыкнуть и лишь тихонько прикрывать лицо ладонью.

Но когда попадается человек, который упорно отказывается тщательно и аккуратно отмывать сковородку ("она же и так чистая"), и столь же упорно жалуется, что всё пригорает и пахнет чем-то посторонним - я теряюсь. Как и зачем можно так делать? )

(4 comments | comment on this)

Sunday, March 1st, 2015
9:54 am - Хозяйке на заметку
Если вы готовите растворы солей для среды Мурасиге-Скуга (да и вообще для любой среды без нестойких соединений), удобней сначала отдельно растворить всю неорганику в кипятке (в отдельных стаканах), потом сливать растворы. Особенно если реактивы старые.

(comment on this)

Friday, February 27th, 2015
9:03 pm - Ещё один способ делать неинтересное
Способ чертовски эффективен, но для него потребно владеть навыком диссоциации/ассоциации. Это когда вы можете выбрать произвольный предмет, полностью с ним отождествиться, и хотя бы минут 20 устойчиво держать такое состояние. Кстати, помимо плюшек с воображением и управлением вниманием этот навык даёт хорошую, хоть и несколько своеобразную, связь с собой ;)

А сам способ - придумать персонажа, для которого это неинтересное будет новой, весёлой и несколько упоротой игрой, и отождествиться с этим персонажем.

(5 comments | comment on this)

Sunday, July 21st, 2013
9:31 pm - 30.0027
Четвёртый десяток, однако )

(10 comments | comment on this)

Wednesday, April 17th, 2013
8:04 pm - Фотодыбр
В жизни происходит много всего, только как-то не тянет писать об этом. Да и времени нет.
Лучше немножко покажу :)
Read more...Collapse )

(24 comments | comment on this)

Saturday, November 3rd, 2012
11:32 pm - Бытие мое - 2
ВСЁХОРОШО :)
Только совершенно нет времени. ЖЖ не читаю, зато сижу вконтактике (да, стыдно ))).
Добрые дети сделали меня старостой группы и успешно достают идиотскими вопросами.
Потихоньку деградирую и становлюсь похожим на них. Окружение влияет, да.

Помимо учёбы занимаюсь всякой фигнёй, про которую думал, что никогда не буду заниматься.
Кусок фигни под катом.
Read more...Collapse )

(8 comments | comment on this)

> previous 20 entries
> top of page
LiveJournal.com