aumakua

О деяниях

1. Если наметил задачи, но не записал - не будет сделано ничего.
2. Если записал задачи, но не поставил дедлайн - не будет сделано 90%.
aumakua

Wishlist

Что мне можно дарить, если вдруг кому приспичит.

Read more...Collapse )

Что дарить категорически НЕ нужно.
1. То, чего в списке нет.
2. Любые аналоги того, что в списке указано конкретно - если вы не эксперт высокого уровня в данной предметной области.
aumakua

...и структуры данных

Kaitai Struct -- очень клёвая штука. Это такой декларативный язык для описания парсеров бинарных форматов, который компилируется в модули для всех популярных языков.
Документация мутная, но разобраться можно. По сути, простой YAML со своей семантикой.

Альтернатив много, я их пробовал, просто эта штука в целом удобней. За полдня (с учётом того, что впервые этот язык вижу) накидал пригодный для практического использования скрипт для работы с файлами от секвенатора, благо ребята из Applied Biosystems ещё до поглощения Термофишером выложили спецификацию. Ещё пару недель поработать, и про GeneMapper можно будет забыть как про страшный сон.

Ключевые слова для коллег -- ABIF, fsa, GeneMapper, Peak Scanner, GeneMarker, STRand, Fragman. Если надо, пишите в личку.

Да и вообще для просто парсинга и реверс-парсинга бинарников отличная штука, у авторов на сайте есть ссылки на доставляющие туториалы про японских школьниц.
aumakua

Лытдыбр

Никогда бы не подумал, что молекулярному генетику может по работе понадобиться умение писать приложения для android -- а вот понадобилось :)
Кто сталкивался с секвенаторами ABI серии 3500 -- сразу поймёт, ключевое слово RFID.

Глифосат -- одно из лучших изобретений человечества. У меня сейчас внезапно свой дом и сильно запущенный участок, приходится разбираться. За две обработки с интервалом в две недели адские заросли крапивы стали ровной землёй с редкими крапивными пеньками. Выкапывать с корнями эффективней (проверено), но время и силы не безграничны.

В прикладной психотерапии учение Ухтомского о доминантах оказывается необычайно эффективным. Если переосмыслить/доработать практически любую терапевтическую практику (реально что угодно, от допотопного психоанализа до свежей поведенческой терапии) с учётом этого подхода, эффективность заметно возрастает. Нейробиология рулит.

Физуха реально меняет жизнь. Особенно для пожилых. Если у вас есть родственники за 70 -- убедите их заняться физкультурой (да хоть утреннюю зарядку по советским видеоурокам делать, хоть по одному упражнению из серии), оно реально и очень заметно работает. Плюс по этой теме прилично вполне адекватных свежих исследований, подтверждающих улучшение кучи физиологических показателей. Разумеется, если нет прямых противопоказаний!
aumakua

Про геномику растений

Вы вот скорей всего думаете (если думаете), что у растения есть геном. Типа можно взять кусок растения, выделить ДНК, секвенировать, и всё будет хорошо.
А вот нифига, как обычно :)

Геномов у растения как минимум три. Ядерный, хлоропластный и митохондриальный. У каждого свои особенности, вроде GC-состава, разных частот мутаций, разных механизмов регуляции и т.п. К тому же пропорции яДНК, хпДНК и мтДНК в общей выделенной могут сильно отличаться в зависимости от взятого куска растения. Полностью их разделить -- задача нетривиальная.
Но это только начало.

Ещё растения обожают быть гетерополиплоидами. Фактически ядерный геном может состоять из нескольких разных геномов, которые в ходе эволюции как-то притёрлись друг к другу. Классический пример -- пшеница, там три генома в одном. То есть даже разные элементы общего ядерного генома могут заметно отличаться по отдельным параметрам.

Это всё не так страшно, достаточно знать и учитывать. Настоящее веселье начинается, если вспомнить про патогены и паразитов. В реальной прикладной работе обычно нет времени на выделение и выращивание стерильных культур клеток/тканей, и практически нереально предсказать, чья же ДНК будет в итоге плавать в пробирке.

В общем, при работе с растениями даже в сравнительно простых задачах вроде разработки чувствительного метода молекулярной идентификации (чем я сейчас и занимаюсь) вылезает мнооооооого интересного :)
А вы говорите -- биохакеры, биохакеры...
aumakua

Про силу воли

Сила воли -- это просто гламурное название для навыка произвольного управления вниманием.

В бытовом смысле про силу воли говорят, когда надо делать то, что не хочется, или не делать то, что хочется. А это же просто про внимание. Перевести фокус внимания с одного действия (хочется) на другое (надо), и какое-то время удерживать. Времени обычно требуется немного, включение даже в неинтересную работу занимает минут 15. Ещё немного внимания требуется на игнорирование внешних раздражителей в процессе.

В общем, хотите развить силу воли -- делайте упражнения на концентрацию внимания. Самое простое -- наблюдать за кончиком стрелки часов. Сначала секундной, потом минутной, потом часовой. Полугода должно хватить для ощутимых изменений.
aumakua

Про магний

Словил тут недостаток магния. Ноги сводит и всё такое. Как-то корректировать рацион в сторону "ещё больше зелени/орехов/бобовых" не хочу, да и смысла не вижу, и так нормально питаюсь. Прогуглил всякие минеральные комплексы - и как-то оно печально. Или оксид/карбонат, да и те в микродозах, или что-то нормальное, но за невменяемые деньги (я щас бедный студент, если что ;)).

Как всегда, выход прост. Покупаем в любой аптеке сульфат магния. Пакетики по 20-25 грамм. Стоит копейки. Доводим до кипения стакан воды, сыплем столовую ложку с горкой обычной соды (которая гидрокарбонат натрия). Пакетик сульфата магния растворяем в горячей воде (объём не критичен, лишь бы растворилось, я делаю полстакана) и вливаем в кипящий раствор соды. Смесь резко белеет. Полученную суспензию карбоната магния кипятим минут 10, пока не перестанут появляться мелкие пузырьки. Выключаем, даём отстояться. Кристаллы получаются сравнительно крупные, оседают минут за 15-20. По максимуму сливаем жидкость, заливаем водой, перемешиваем, отстаиваем. Промывку повторить 4-5 раз. К чистому осадку карбоната понемногу добавляем горячий раствор лимонной кислоты, помешиваем. Добавлять до полного растворения осадка и прекращения шипения. Всё, готов раствор цитрата магния, одного из лучших по биодоступности соединений. Дальше можно разбавить водой до 700 миллилитров, как раз хватит на неделю по 100 мл в день, и будет нормальная суточная дозировка.

Я наливаю эти 100 мл раствора в свою мегакружку на 650 мл, добавляю ещё поллитра воды и чего-нибудь по вкусу (сахар/мёд/варенье etc). Получается вкусный кисленький напиток. Потребляю уже пару недель, симптомы недостатка магния исчезли. Побочек никаких. Рекомендую.
aumakua

33

Удачный выдался год.
Получил красненький дипломчик, поучаствовал в распиле интересных грантов, хорошо так научился всякой молекулярке/геномике/биоинформатике, собрал нормальный комп, поимел 4 публикации и авторское свидетельство, бросил курить, освоил виноделие на чистых культурах дрожжей, разобрался с несколькими крупными тараканами, стал пить гораздо меньше кофе... В общем, мной быть хорошо :)
Дальше будет ещё интересней.

Пара фоточек под катомCollapse )
aumakua

Лем гениален!

Я сейчас довольно много читаю arXiv по тематике deep learning (и использую простенькую нейросеть в одном реальном проекте, хе-хе, но об этом как-нибудь потом). И там всё чаще упоминается то, что можно обозвать мета-сетями. Делают несколько нейронных сетей разной архитектуры, обучают разными способами и как-нибудь объединяют.

Почему-то это ужасно напоминает мой любимый "Осмотр на месте". Эти вот БАМ, БОМ, БУМ и МОСГ. Да и загрузка шихты оттуда же - это ведь big data в чистом виде.
Надо ещё раз перечитать :)
aumakua

Про "что делать"

Фиксирую в основном для себя, но вдруг ещё кому будет полезно.
Нижеописанное применимо скорей в самокопательных контекстах. Может работать и в других, надо проверять.

Если вы нашли/получили/придумали годный совет по решению насущной проблемы, прежде всего проверьте годность совета.
Как - тема для отдельного размышления. В общем можно отметить, что для действительно сложных проблем, о которые вы долбитесь годы, здравый смысл будет работать плохо.

Далее.
Продумайте/найдите/вытрясите контекст применения совета. И критерии распознавания этого контекста.
Аналогично с пошаговыми инструкциями по следованию совету. Возможными факапами, тонкостями и т.п.
Аналогично с результатами применения и критериями их оценки.

Повторите весь процесс ещё раз, тут полезно как-то фиксировать это дело.

И потом следуйте или не следуйте совету.