Category: наука

Category was added automatically. Read all entries about "наука".

aumakua

О воспроизводимости

В молекулярной биологии воспроизводимость результатов -- вообще тема для анекдотов. Не всегда, но часто.
Протекание реакций сильно зависит от кучи условий. Температура в лаборатории, свежесть реактивов, качество их перемешивания, скорость работы, способ хвата пробирок, даже личностные особенности и самочувствие экспериментатора -- это всё влияет.

У нас как-то по результатам анализа получилась чёткая дифференциация изучаемых популяций на две группы -- причём это противоречило всем предыдущим данным. Стали разбираться -- оказалось, что такая дифференциация коррелирует только с одним фактором. ДНК для этих групп выделяли разные люди. Опытные и специально обученные. По одному и тому же протоколу, на том же оборудовании и теми же реактивами.
Кто не в курсе -- выделение ДНК вообще задача тривиальная, там крайне сложно что-то сделать неправильно. Но вот же.

И сейчас оно опять.
Я ставлю ПЦР, разгоняю продукт капиллярным электрофорезом -- всё хорошо, красивые хроматограммы.
На следующий день под моим присмотром другой человек делает то же самое, работает аккуратно, не косячит -- в хроматограммах только шум.
Воистину, чудеса.
aumakua

О гигрометрии

Обычные гигрометры/психрометры в бытовых условиях выдают не совсем верные показания. Что электронные (там вообще как попало бывает), что классические из двух градусников. Их разработчики обычно ориентируются на эталонные коэффициенты в формулах расчёта влажности, которые были эмпирически подобраны для метеостанций. Но метеостанция -- не жилое помещение. В жилых помещениях воздушный поток заметно слабее, поэтому показания получаются завышенными.

Если вы хотите более-менее точно измерить относительную влажность -- просто возьмите любой точный термометр (я вообще кулинарный термометр для мяса использую), положите его примерно посередине помещения (на стул, например) минут на 15-20 и запишите показания. Потом возьмите кусок бумажного полотенца, намочите, оберните им термометр. Положите на то же место, подождите 15-20 минут и снова запишите показания. Посмотрите атмосферное давление (с барометра или любого погодного сайта) и тоже запишите.

Collapse )
aumakua

Лытдыбр

Никогда бы не подумал, что молекулярному генетику может по работе понадобиться умение писать приложения для android -- а вот понадобилось :)
Кто сталкивался с секвенаторами ABI серии 3500 -- сразу поймёт, ключевое слово RFID.

Глифосат -- одно из лучших изобретений человечества. У меня сейчас внезапно свой дом и сильно запущенный участок, приходится разбираться. За две обработки с интервалом в две недели адские заросли крапивы стали ровной землёй с редкими крапивными пеньками. Выкапывать с корнями эффективней (проверено), но время и силы не безграничны.

В прикладной психотерапии учение Ухтомского о доминантах оказывается необычайно эффективным. Если переосмыслить/доработать практически любую терапевтическую практику (реально что угодно, от допотопного психоанализа до свежей поведенческой терапии) с учётом этого подхода, эффективность заметно возрастает. Нейробиология рулит.

Физуха реально меняет жизнь. Особенно для пожилых. Если у вас есть родственники за 70 -- убедите их заняться физкультурой (да хоть утреннюю зарядку по советским видеоурокам делать, хоть по одному упражнению из серии), оно реально и очень заметно работает. Плюс по этой теме прилично вполне адекватных свежих исследований, подтверждающих улучшение кучи физиологических показателей. Разумеется, если нет прямых противопоказаний!
aumakua

Про геномику растений

Вы вот скорей всего думаете (если думаете), что у растения есть геном. Типа можно взять кусок растения, выделить ДНК, секвенировать, и всё будет хорошо.
А вот нифига, как обычно :)

Геномов у растения как минимум три. Ядерный, хлоропластный и митохондриальный. У каждого свои особенности, вроде GC-состава, разных частот мутаций, разных механизмов регуляции и т.п. К тому же пропорции яДНК, хпДНК и мтДНК в общей выделенной могут сильно отличаться в зависимости от взятого куска растения. Полностью их разделить -- задача нетривиальная.
Но это только начало.

Ещё растения обожают быть гетерополиплоидами. Фактически ядерный геном может состоять из нескольких разных геномов, которые в ходе эволюции как-то притёрлись друг к другу. Классический пример -- пшеница, там три генома в одном. То есть даже разные элементы общего ядерного генома могут заметно отличаться по отдельным параметрам.

Это всё не так страшно, достаточно знать и учитывать. Настоящее веселье начинается, если вспомнить про патогены и паразитов. В реальной прикладной работе обычно нет времени на выделение и выращивание стерильных культур клеток/тканей, и практически нереально предсказать, чья же ДНК будет в итоге плавать в пробирке.

В общем, при работе с растениями даже в сравнительно простых задачах вроде разработки чувствительного метода молекулярной идентификации (чем я сейчас и занимаюсь) вылезает мнооооооого интересного :)
А вы говорите -- биохакеры, биохакеры...
aumakua

33

Удачный выдался год.
Получил красненький дипломчик, поучаствовал в распиле интересных грантов, хорошо так научился всякой молекулярке/геномике/биоинформатике, собрал нормальный комп, поимел 4 публикации и авторское свидетельство, бросил курить, освоил виноделие на чистых культурах дрожжей, разобрался с несколькими крупными тараканами, стал пить гораздо меньше кофе... В общем, мной быть хорошо :)
Дальше будет ещё интересней.

Collapse )
aumakua

Про выполнение генетического кода

Технари часто представляют клетку как нечто вроде компьютера, выполняющего записанную в ДНК программу.
На очень высоком уровне абстракции такую аналогию можно с натяжкой назвать верной. Примерно столь же верной, как уподобление квантового компьютера счётам.

Несколько ближе к реальности будет представлять всё это дело как самомодифицирующуюся нейронную сетку, построенную из ненадёжных аналоговых элементов.
Думаю, многие читали про всякие извращения с генетическими алгоритмами на FPGA, особенно про штуки с использованием паразитных наводок - вот это примерно оно, только на несколько порядков сложнее.

Ещё ближе к реальности будет то же самое, но собранное из любого подручного хлама, причём могут быть задействованы любые физико-химические процессы, в духе "повышение температуры кофеварки приводит к изменению окраски раствора, это слегка меняет яркость дисплея спектрофотометра, который стоит рядом с колбой с чем-нибудь фоторазлагаемым с выделением газа, а поток этого газа крутит турбинку микрогенератора, ток с которого ещё через несколько десятков подобных элементов управляет кофеваркой".
Ну а генетический код (который тоже не настолько прост и однозначен, как рассказывают в школе) - только один из многих входных сигналов.

Кому интересно разобраться в теме серьёзно - отличным кратким введением будет "Экспрессия генов" Патрушева. Есть в электронном виде, лежит везде, язык довольно понятный. Только учитывайте, что монография успела устареть на 15 лет, и за это время молекулярная биология проще не стала ;)
aumakua

Всякое разное

Есть у нас в лабе гомогенизатор Precellys 24, используем его при выделении ДНК. Не машина, а зверь - за 2 цикла по 30 секунд превращает сухую хвою и мыльный растворчик в однородную массу. Любопытства ради глянул инструкцию - к нему помимо стандартных пробирок по 2 мл идут ещё и пробирки по 15 мл. Это немного, но небольшая лабораторная мышка вполне поместится. Так что пресловутое "подготовьте мышь к опыту, гомогенат разлейте по пробиркам" - не шутка, а вполне себе проза жизни.

Встретился тут в одном из источников белок из семейства SOUL. Сначала думал, что очередная аббревиатура. Погуглил - оказывается, кодирующий этот белок ген впервые обнаружили при исследовании сравнительной экспрессии генов в эпифизе цыплят. А назвали soul, ибо Декарт считал эпифиз вместилищем души. Прямо так в статье и написано.

Если вы говорите об эволюции, никогда не используйте выражение "выживает сильнейший/наиболее приспособленный/ещё какой-нибудь". Это бессмысленно с точки зрения эволюции как таковой. Не выживает. И не погибает. А просто имеет несколько большую вероятность оставить потомство. И всё.
aumakua

Лытдыбр

Давно собираюсь написать что-то в духе "как я провёл прошлым летом", да всё руки не доходят.
Так что кому интересно - смотрите фоточки вконтактике, доступ там открытый для всех.

А сейчас все помыслы заняты полиморфизмом генов устойчивости к холоду древесных растений, и ночами снятся исключительно хромосомы лиственниц, строчки праймеров и схемы взаимной регуляции транскрипционных факторов. Скорей бы спасительная сессия )
aumakua

О блинах

Физика образования дырок в блинах взорвала мне мозг.
И вам взорвёт, если попробуете посчитать. Квантовыми эффектами можете пренебречь.
Блины опасны.
aumakua

Парочка наблюдений

Бывает прикольно дочитать толстую книгу до середины, чтобы найти отсылку к другой толстой книге, ближе к середине которой становится понятно, что первую книгу читать было не надо ))

*

В какую сторону ни копаю, всё так или иначе упирается в теорию категорий. Независимо от темы. Чудеса ^^